Trước khi xác định thuốc lý tưỏng, cần xác định tác nhân gây bệnh, tuy nhiên trong đại đa số trường hợp, điều trị dựa vào kinh nghiệm lâm sàng, được thăm dò trước trong điều trị viêm kết mạc và để phòng chống nhiễm khuẩn mắt, nên dùng thuốc trước đây đã được dùng một cách có hệ thống. Trong các thuốc uống chống vi khuẩn đang dùng, sulfonamid tra tại chỗ có tác dụng và không đắt. Hai sulfonamid tốt đối với mắt là sulfisoxazol và sulfacefamid natri. Sulfomid còn có thuận lợi thêm là ít gây dị ứng và có tác dụng chống nhóm chlamydia. Thuốc có thể dùng dưới dạng mỡ hoặc nước. Mỡ phối hợp bacitracin - polymyxin thường được dùng để phòng bệnh sau mổ lấy dị vật giác mạc do tác dụng chống cả các tác nhân gram (-) lẫn gram (+).

Trong những kháng sinh có phổ tác dụng rộng rãi nhất có gentamycin, tobramycin và neomycin. Những thuốc này có một số tác dụng chống tác nhân gram (-) cũng như gram ( + ) nhưng nhìn chung không có tác dụng đối với phế cầu. Phản ứng dị ứng đối với neomycin khá phổ biến.

Các kháng sinh khác được hay dùng là erythromycin, tetracyclin và cephalosporin.

Đại đa số thuốc chống nhiễm khuẩn mắt được dùng tại chỗ.

Mỡ có tác dụng lớn hơn nước vì thuốc mỡ tồn tại ở mắt lâu hơn. Tuy nhiên thuốc hay gây mờ mắt: Nếu cần tránh điều này thỉ nên dùng thuốc nước.

Thuốc toàn thân cần được áp dụng trong nhiễm trùng nội nhãn, viêm tổ chức hốc mắt, viêm túi lệ, viêm kết - giác mạc lậu cầu, viêm kết mạc thể vùi và nhiễm trùng nặng ngoài nhãn cầu không đáp ứng tốt với điều trị tại chỗ.