Trong trường hợp các nghiệp vụ kinh tế phát sinh vượt quá định mức cho phép theo qui định của thuế thì khi các khoản này phát sinh kế toán vẫn hoạch toán thuế GTGt đầu vào được khấu trừ bình thường nhưng khi quyết toán thuế thì chỉ có phần thuế tương ứng trong định mức cho phép mới được khấu trừ ví dụ:
- Mua xe ô tô từ 9 chỗ ngồi trở xuống NG vượt 1,6 tỷ đồng thì phần thuế GTGT vượt trên 1,6 tỷ đồng đó không được khấu trừ
- các khoản chi phí vượt định mức cho phép như chi tiếp khấu, khuyến mãi, tiếp tân,... vượt quá 15%,..
Doanh nghiệp không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:
- Hoá đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như:
+ Hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hoá đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT);
+ Khi lập hóa đơn giá trị gia tăng không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán;
+ Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo);
+ Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.
- Hóa đơn trên 20 triệu đồng nhưng không thanh toán qua ngân hàng.
- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng thì không được khấu trừ
- Hóa đơn bị bỏ sót quá 6 tháng
Tài sản cố định là ôtô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ôtô sử dụng cho vào kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng sẽ không được khấu trừ.
Chú ý:
Số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định