Xưa kia Y Miếu còn gọi là Viện Thái Y, sau này thường gọi là Y Miếu Thăng Long. Thời Lê, Y Miếu được xây theo sự chuẩn y của nhà vua để thờ tiên thánh và các vị danh y lớn của đất nước. Đời vua Lê Hiển Tông (năm 1740-1786) niên hiệu Cảnh Hưng 34 (năm 1773), Y Miếu được trưởng viện Thái Y Trịnh Đình Ngoạn đứng ra trông coi việc xây dựng. Tấm bia của Thái y viện, hiện dựng tại chùa Phổ Giác, phố Ngô Sĩ Liên - (gần Y Miếu) khắc tháng 8 năm Giáp Ngọ niên hiệu Cảnh Hưng 35 (năm 1774) còn ghi lại việc chọn đất xây dựng Y Miếu rất kỹ.
Năm 1834, Y Miếu Thăng Long được trùng tu lớn và được mở rộng thêm. Năm 1953, Hội Y Dược Việt Nam chính thức được Nhà nước giao cho quản lý, Y Miếu lại được trùng tu làm trụ sở của Hội Y Dược Việt Nam.Y Miếu được xây gần như hình vuông, 2 lớp nhà 3 gian kiểu tường hồi bít đốc, hướng Đông Nam.
Nhà làm 2 tầng mái tạo sự cao thoáng, 4 góc lớp mái trên tạo các đao cong hình vuông vân lá, chính giữa bờ nóc đắp nổi đôi rồng chầu mặt trời, giữa bờ giải và guột đắp tượng 2 sư tử hí cầu... Hai trụ ngoài được đắp hình búp sen, thể hiện tư tưởng thiền trong y học.
Kiến trúc bên trong xây kiểu vòm cuốn cao, 2 mái chồng diêm. Đây là nơi đặt khám thờ 2 vị danh y Tuệ Tĩnh và Lê Hữu Trác. Mặt ngoài là một hiên rộng, với 6 trụ xây vuông, trên đắp các câu đối chữ Hán. Mái hiên làm kiểu mái đua tạo cho hiên rộng, thoáng. Các gian bên thờ Thần Nông và những danh sĩ nhà nho.
Hiện vật có giá trị nhất của di tích là 1 khám gỗ. Khám lớn kín toàn gian, đặt ở vị trí trang trọng và cao nhất giữa hậu đường. Khám sơn son thếp vàng, chạm khắc tỉ mỉ các hình rồng, cúc, trúc, hoa lá cách điệu... mang nét nghệ thuật chạm khắc thế kỷ XIX. Hàng năm vào ngày 15 tháng giêng (âm lịch) là ngày hội, Y Miếu Thăng Long là nơi tụ hội, giao lưu của những người làm công tác Đông y dược trong toàn quốc.
Y Miếu Thăng Long là nơi thờ và tưởng niệm hai vị danh y nổi tiếng của đất nước là thiền sư Tuệ Tĩnh và Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác cùng các vị danh y của nền y học cổ truyền dân tộc.
Thiền sư Tuệ Tĩnh và Hải thượng Lãn ông Lê Hữu Trác
Thiền sư Tuệ Tĩnh, tục gọi là Nguyễn Bá Tĩnh, pháp hiệu Tráng tử vô vật, sinh năm 1330, tại hương Nghĩa Phú, tổng Văn Thái, huyện Cẩm Giàng, phủ Thượng Hồng, (nay là tỉnh Hải Dương). Ông là người học giỏi, đi tu và nghiên cứu y học. Năm 55 tuổi, ông đi sứ được vua nhà Minh (Trung Quốc) phong hiệu Đại Y Thiền Sư, sau ông mất ở Giang Nam - Trung Quốc.
Tuệ Tĩnh đã từng sử dụng 74 ngôi chùa làm nơi chữa bệnh cho nhân dân. Ông thu thập các bài thuốc dân gian, các vị thuốc nam và viết sách truyền bá y học.Trong các tác phẩm ông để lại có bộ "Nam dược thần hiệu" là bộ sách y dược lớn nhất, gồm 11 quyển, trong đó nêu 580 vị thuốc nam, 3873 phương thuốc dân tộc và cách điều trị 184 loại bệnh trong 10 khoa lâm sàng.
Riêng bộ "Hồng nghĩa giáo tư y thư" đã đề cập đến lý luận Đông y và quá trình biện chứng luận của Đông y. Tuệ Tĩnh là một trong những người đầu tiên đặt nền móng cho nền y học cổ truyền của dân tộc một cách toàn diện, bao gồm lý, pháp, phương dược. Ông đã nêu cao khẩu hiệu "Nam dược trị Nam nhân". Ông được người đương thời ca ngợi là "Ông thánh thuốc nam".
Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác sinh ngày 12 tháng 11 năm Canh Tý (1720) tại thôn Văn Xá, làng Liêu Xá, huyện Đường Hào, (nay là xã Hoàng Hữu Nam, huyện Yên Mỹ, tỉnh Hưng Yên). Ông mất ngày 15 tháng Giêng năm Tân Hợi (1791).
Khoảng gần 400 năm sau, ở thế kỷ XVIII, Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác đã kế tục sự nghiệp y học của Thiền sư Tuệ Tĩnh. Ông đã sưu tầm và phát hiện thêm 305 vị thuốc nam, đồng thời tổng hợp thêm 2854 bài thuốc dân tộc, nghiên cứu và phổ biến cho nhân dân áp dụng, ông còn mở trường dạy thuốc để truyền bá y dược học.
Trong những tác phẩm lớn của ông để lại có "Hải Thượng Lãn Ông Y tông tâm lĩnh", bộ sách gồm 28 tập với 66 quyển. Sách đề cập tới nhiều vấn đề khoa học, biện chứng luận trị, về nghiên cứu khoa học y dược… Ngày nay, trong Y Miếu vẫn còn bức hoành phi, câu đối, vế đối ca ngợi sự nghiệp cao đẹp của hai vị danh y Thiền sư Tuệ Tĩnh và Hải thượng Lãn ông Lê Hữu Trác cùng những giá trị của nền y dược dân tộc đã được lưu truyền: "Gốc của đạo y là thuật biến hóa hòa âm dương. Công thành của lương y là biết dụng dược như dụng binh.
ST