Thuế suất thuế GTGT 0% theo qui định tại điểm 1, Mục II Phần B Thông tư số 129/2009/TT-BTC nêu trên qui định “Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình của doanh nghiệp chế xuất; hàng bán cho cửa hàng bán hàng miễn thuế; vận tải quốc tế; hàng hoá, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% nêu tại tại điểm 1.3 Mục này”.
Như vậy hàng hóa không chịu thuế GTGT và chịu GTGT 0% sẽ được phân thành 2 loại: Hàng hóa đầu ra và hàng hóa đầu vào.
Với hàng hóa đầu vào: Về cơ bản không có gì khác nhau, tổng giá bán ra trên hóa đơn bán hàng đều là giá không có thuế giá trị gia tăng. Khi ghi trên hoá đơn đối với hàng hoá chịu thuế suất 0 % thì trên hóa đơn GTGT dòng thuế GTGT ghi 0%; Đối với hàng hoá không chịu thuế thì khi ghi trên hóa đơn GTGT dòng thuế GTGT gạch chéo. Doanh nghiệp mua hàng hóa không chịu thuế và chịu thuế 0% về để sản xuất ra hàng hóa chịu thuế thì vẫn phải nộp thuế GTGT theo quy định.
Với hàng hóa đầu ra: thì sự khác nhau giữa hàng hóa không chịu thuế và hàng hóa chịu thuế suất 0% được phân biệt bởi việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Nếu Doanh nghiệp bán hàng chịu thuế suất 0% thì vẫn được khấu trừ GTGT đầu vào theo quy định, còn nếu bán hàng không chịu thuế thì sẽ không được khấu trừ GTGT đầu vào; Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh mua hàng hoá về để sản xuất kinh doanh hàng hoá chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì cơ sở sản xuất kinh doanh phải hạch toán riêng phần thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hoá chịu thuế để được khấu trừ thuế, trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh không hạch toán riêng thì sẽ được phân bổ thuế GTGT đầu vào để được khấu trừ theo tỉ lệ doanh thu hàng hoá chịu thuế GTGT và doanh thu của hàng hoá không chịu thuế GTGT (Bà có thể tìm hiểu thêm về vấn đề này tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính). Sự khác biệt ở đây là: Hàng chịu thuế 0% vẫn thuộc danh mục hàng hoá chịu thuế GTGT, nên khi kê khai danh mục hàng chịu thuế thì cơ sở sản xuất kinh doanh vẫn phải được kê khai đầy đủ.