* Phương pháp (Methods)
Phần phương pháp phải cung cấp một cách chi tiết những gì tác giả đã làm và làm như thế nào trong công trình nghiên cứu. Ở đây, tác giả phải cẩn thận quân bình giữa hai nhu cầu: súc tích (vì không thể mô tả tất cả các kĩ thuật với những chi tiết chi li) và đầy đủ (tác giả phải trình bày đầy đủ thông tin sao cho người đọc biết được những gì đã làm). Đạt được sự cân đối giữa súc tích và đầy đủ là một thách thức của người viết, và có thể của cả biên tập và nhà xuất bản. Phần phương pháp cần phải cho người đọc những thông tin liên quan đến tính khái quát hóa (chẳng hạn như đối tượng nghiên cứu là ai, có tiêu chuẩn nào tuyển chọn đối tượng hay không, hay cách thức chọn mẫu như thế nào …)
Có thể bài báo đề ra một phương pháp mới, và trong trường hợp đó, tác giả cần phải chú ý những tên gọi (và ý tưởng) xuất hiện nhiều lần trong bài báo. Tác giả nên suy nghĩ kĩ về những tên gọi này: phải dùng chữ ngắn gọn mà dễ hiểu. Nên gọi phương pháp điều trị là gì? Phải sử dụng từ gì để mô tả chỉ tiêu của nghiên cứu? Kinh nghiệm người viết bài này cho thấy trước khi viết cần phải liệt kê ra danh sách những từ hay sử dụng trong bài báo. Không có gì lẫn lộn và khó chịu người đọc hơn là dùng nhiều từ khác nhau để gọi một hiện tượng!
Một cấu trúc cứng nhắc sẽ làm cho phần phương pháp trở thành máy móc. Nhưng đó lại là cấu trúc mà các tập san y khoa đòi hỏi cho các nghiên cứu lâm sàng đối chứng ngẫu nhiên (randomized clinical trial). Trong cấu trúc này, tác giả phải viết dưới các tiêu đề như khái quát, nơi làm nghiên cứu, tiêu chuẩn tuyển chọn đối tượng, chỉ tiêu chính của nghiên cứu, chỉ tiêu phụ, cách đo lường, phương pháp phân tích dữ kiện ...
Trong các nghiên cứu khác, tác giả có thể tự mình sáng tạo ra những tiêu đề thích hợp với công trình nghiên cứu. Ngay cả nếu tác giả sau này phải xóa bỏ các tiêu đề này thì sự bố cục của chúng giúp ích cho tác giả rất nhiều. Có thể dùngmột biểu đồ như là một cách mô tả qui trình nghiên cứu (chẳng hạn như thiết kế, tuyển chọn bệnh nhân, và phân tích dữ kiện). Nếu cần, tác giả có thể thêm phần phụ lục để cung cấp chi tiết về phương pháp phân tích, mã (codes) dùng trong máy tính, hay phương pháp thu thập dữ kiện cùng phương pháp đo lường (đây là những phương pháp có thể giúp cho người duyệt bài hay người đọc có thể lặp lại thử nghiệm).