Trong những năm gần đây ngoài việc tăng cường hợp tác với các trường đại học hàng đầu thế giới, Đại học Duy Tân còn có xu hướng liên kết với các đại học có uy tín trong nước để nâng cao chất lượng và mở rộng chương trình đào tạo. Điều đó đã được cụ thể hóa khi Đại học Duy Tân chính thức được Bộ GD & ĐT cho phép liên kết với Học viện tài chính đào tạo trình độ thạc sĩ theo công văn số 3243/BGDĐT – GDĐH ngày 05/05/2010.
Theo chương trình liên kết, bắt đầu từ giữa tháng 07/2010 Đại học Duy Tân sẽ tuyển sinh 80 chỉ tiêu ở hai chuyên ngành: Kinh tế, Tài chính – Ngân hàng và Tài chính – Ngân hàng. Chương trình sẽ được tổ chức giảng dạy ngay tại Đại học Duy Tân ngoài giờ hành chính và vào các ngày thứ Bảy và Chủ Nhật trong tuần. Học viên sẽ được học theo chương trình của Học viện tài chính dưới sự hướng dẫn của giảng viên học viện. Sau khi tốt nghiệp, học viên được nhận bằng Thạc sĩ do chính Học viện tài chính cấp. Đây là cơ hội tốt để các học viên có thể lấy bằng Tthạc sĩ của một Học viện hàng đầu Việt Nam ngay tại Đại học Duy Tân.
Được biết ngoài chương trình liên kết với học viện tài chính, Đại học Duy Tân còn tuyển sinh trình độ Thạc sĩ ở hai chuyên ngành khác là Quản Trị Kinh Doanh và Khoa Học Máy Tính. Đây là hai chuyên ngành áp dụng theo chương trình của đại học Carnegie Mellon và Penn State (Hoa Kỳ) do chính Đại học Duy Tân đào tạo và cấp bằng. Sau hai khóa tuyển sinh đã có gần 200 học viên đang theo học hai chương trình này tại Duy Tân. Tính đến đợt tuyển sinh tháng 09/2010, Đại học Duy Tân chính thức tuyển sinh 4 chuyên ngành đào tạo Thạc Sĩ gồm: Kinh tế tài chính – ngân hàng, Tài chính – Ngân hàng (liên kết với Học viên hành chính), và Quản trịnh kinh doanh, Khoa học máy tính là những ngành riêng của trường.